Jochen Kaiser studierte von 1989 bis 1995 Kirchenmusik an den Hochschulen in Dresden und Heidelberg. In einem postgradualen Studiengang der Liturgiewissenschaft an den Universitäten Leipzig, Erfurt, Halle und Jena erwarb er 2007 einen Masterabschluss. Daran schlossen sich zwei große Forschungsprojekte (Promotion und Second Book) an, die die empirische Hymnologie weiterentwickelten und dafür auch ethnografische Methoden nutzten.

Er unterrichtete Hymnologie und Liturgik im Kirchenmusikalischen Seminar in Halberstadt (2008 bis 2015) an den Universtäten in Erlangen und Leipzig, der HfMT Leipzig und der ZHdK in Zürich.
Im Jahr 2017 war er Referent im „Zentrum für Qualitätsentwicklung im Gottesdienst“ der EKD, im Michaeliskloster Hildesheim. Zahlreiche Veröffentlichungen im Bereich Hymnologie und Liturgik zeigen sein interdisziplinäres Interesse zwischen Kirchenmusik und Theologie, Ästhetik und Musikwissenschaft. Er entwickelte die „Erlebnisorientierte Liedanalyse“.

Hymnologie wird von ihm als ein Praxisfach des Singens, mit einer Nähe zur Gemeinde ausgelegt und so entfaltet sein Buch „Frisch gesungen – Sing-Ideen für die Gemeinde zu allen Wochenliedern der neuen evangelischen Leseordnung“ Hymnologie als singende Wissenschaft und erlebnisorientieren Glaubensausdruck.

Seit Mai 2023 ist er Rektor der Hochschule für Kirchenmusik der Evangelischen Kirche von Westfalen.