Stefan Kagl wurde 1963 in München geboren und nahm Privatunterricht bei Klemens Schnorr und Peter Schammberger. Er studierte an der Münchner Staatlichen Hochschule für Musik (bei Klemens Schnorr) und an der Schola Cantorum in Paris (bei Jean Langlais und Marie-Louise Langlais), sowie am Conservatoire Supérieur de Paris (CNR). Er errang den „Prix de Virtuosité“ an der Schola Cantorum und legte das A-Examen für Kirchenmusik und die künstlerische Staatsprüfung im Hauptfach Orgel an der Münchner Musikhochschule ab. Am Conservatoire Supérieur de Paris errang er den „Premier Prix“ und den „Prix d'Excellence“.

Seine Paris- und London-Debüts 1988 in der Kathedrale Notre-Dame de Paris und in der St. Paul´s Cathedral London mit Werken von Reubke und Langlais eröffneten seine erfolgreiche Konzertlaufbahn, die ihn zu allen wichtigen Kathedralen, Kirchen und Konzertsälen Europas und Russlands führte (u.a. Mariinsky Konzertsaal beim Festival „Stars of the White Nights 2011“). Er ist 1. Preisträger des internationalen César- Franck-Wettbewerbs St. Bavo/Haarlem (Holland). Von 1991 bis 1996 war er Stadt- und Bezirkskantor in Bad Kissingen und von 1997 bis 2002 Kantor der beiden Hauptkirchen im thüringischen Rudolstadt. Seit Juli 2002 ist Stefan Kagl Kantor und Organist am Münster zu Herford und künstlerischer Leiter des „Herforder Orgelsommers“.

Als Chorleiter hat er alle wichtigen Oratorien und chorsymphonischen Werke einstudiert und dirigiert. Seit 2005 ist er Dozent für Künstlerisches Orgelspiel und Improvisation an der Hochschule für Kirchenmusik, Herford. Rundfunk- und CD-Einspielungen (u.a. 2007 zwei Aufnahmen mit Tournemire und Langlais bei Motette-Ursina, 2008 das Orgelwerk von John Ireland bei cpo und 2010 die CD „10 Jahre Herforder Orgelsommer“ bei Motette) sowie Veröffentlichungen in Fachzeitschriften runden sein Tätigkeitsfeld ab.