Der künftige Rektor der Hochschule studierte in Dresden, Heidelberg, Leipzig und Greifswald, wo er seine Promotion über „Religiöses Leben durch Gottesdienstliche Musik“ ablegte. Berufliche Aufgaben führten Jochen Kaiser unter anderem nach Marburg, Erlangen und Leipzig, bevor er Anfang 2017 nach Zürich wechselte. In der dortigen Landeskirche ist er für Musik und Gemeindeentwicklung zuständig.
Als neuer Rektor der Hochschule für Kirchenmusik wird Jochen Kaiser sich insbesondere der Gestaltungsaufgabe widmen, die beiden Hochschulstandorte Herford und in Witten zusammenzuführen. Beide Standorte werden laut Kirchenleitungsbeschluss in einer neu entstehenden gemeinsamen Hochschule in Bochum zusammenfließen.
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